La Secretaría de Salud ha participado, permanentemente, en programas de atención dirigidos a la población en extrema pobreza; entre 1930 y 1979 instrumentó diferentes estrategias de atención para la población de las zonas rurales; de 1980 a 1996 se diseñaron y desarrollaron programas que favorecieron el reforzamiento de la estructura de la Secretaría de Salud, con el propósito de ampliar la cobertura de servicios de salud para población sin seguridad social y que residía en las zonas de mayor marginación del país. A partir de 1997 es responsable de coordinar y participar en el Programa de Educación, Salud y Alimentación, a través del Componente de Salud.