Objetivo. Identificar la relación entre el clima organizacional de los equipos directivos y el desempeño de los servicios de salud. Material y métodos. Estudio transversal y analítico. Se utilizó la Escala de Clima Organizacional (EDCO). El desempeño se valoró por el logro de indicadores a través de correlación y regresión múltiple. Se evaluaron 34 jefaturas de servicios de prestaciones médicas del Instituto Mexicano del Seguro Social. Resultados. De 862 participantes, 238 (27.6%) evaluaron el clima de sus organizaciones con nivel alto. El promedio de desempeño fue 0.79±0.07 (mínimo: 0.65; máximo: 0.92). Se muestra una correlación positiva entre clima organizacional y desempeño (r=0.4; p=0.008). Conclusiones. El clima organizacional de las jefaturas de servicios de prestaciones médicas se relaciona con el desempeño en la atención a la salud. (AU)