Con la actual crisis sanitaria generada por la pandemia de Covid-19, el mundo se vio obligado a aplicar medidas que se adapten a esta coyuntura. En América Latina, la rápida expansión del brote llevó a la implementación de medidas restrictivas que impulsaron un unánime cierre de fronteras, restringiendo la movilidad de personas, y quedando expuestas algunas de ellas a situaciones de vulnerabilidad. Si bien el propósito fue evitar el avance del virus, estas medidas han supuesto un enorme desafío para la región sudamericana, teniendo en cuenta el negativo impacto socioeconómico y sanitario que estas tienen y pueden llegar a tener en un contexto post-pandemia. En este escenario, las áreas de frontera suscitan una atención especial. Las potencialidades y asimetrías de estas zonas se caracterizan por una constante tensión entre la posibilidad de concretar avances en materia de cooperación y la securitización de estos territorios, traducidos en la defensa de la soberanía nacional. Es por eso que la formulación conjunta de políticas públicas de salud es de vital importancia para prevenir situaciones de conflicto y aunar esfuerzos en la construcción de mecanismos que permitan paliar los efectos de la pandemia, que afectan principalmente a grupos en situación de vulnerabilidad. En el marco de la cooperación regional, las capabilities del MERCOSUR pueden servir como plataformas de coordinación efectiva en materia sanitaria para responder a las demandas de estas zonas y evitar el incremento de las tensiones y conflictos. Así, el presente artículo realiza un repaso por las tensiones que se hacen presentes a la hora de cooperar en áreas de frontera, para luego analizar las potencialidades y desafíos de la coordinación de políticas públicas en materia de salud en el actual contexto de pandemia. Para finalizar, se toma como caso de estudio las ciudades de Posadas (Misiones, Argentina) y Encarnación (Itapúa, Paraguay) teniendo en cuenta su pertenencia al MERCOSUR, los antecedentes de cooperación entre ambas ciudades, y los efectos que ha tenido la pandemia sobre esta zona transfronteriza. Por otra parte, la metodología utilizada es el análisis documental y de caso.